伦敦委员会仍坚称英国教会不会喜欢戴德生把行政权力给予中国委员会。 他自己必须作出罢免的决定，伦敦委员会必须对内地会的《原则与实践》和《协议书》有最后之决定权。 他们也要求有派代表出席中国委员会的权利。
当伦敦委员会的信在1891年11月寄到上海，陈述他们的要求时，戴德生觉得差会已经到了一个最严重的危机。 他对伦敦委员会说：「你们没有经费支持五百位传教士，你们不能保障他们在暴乱中的安全；你们不能到这里来管理差会的事务；我们必须行在神的面前。 他按着他们信中各点逐一回复。 珍妮感到他那时实在太辛苦了，差点要了他的命。
不过，这个组织面临的危机并没有完全占据了他的时间。 他也可以抽出时间细心料埋他从洛机山脉收集得来的植物标本，并清理他放在吴淞路房子的阳台上、从多利士海峡（Torres Strait）一个岛上所采得的标本。
戴德生也没有因制度问题引起的争论，而忽略了差会的属灵需要。 1892年3月，戴德生发了一封重要的通函给中国内地会每一位成员。 他在信中报道了他最近与一些海员、中国仆役、居民和到上海的旅客谈道之经过，他说：「现今人们对差会的需求，是圣灵同在的明证。 分发了数以千百的单张和圣经册子，福音信息传讲了数以千次；宣教路程也不知走了多少万里；但在使人归主上，这一切又是多么微小。 作为一个差会，我们务须在神面前谦卑。 我们也蒙受神的赐福，可领一些灵魂得救，但那些追赶千人，或是二人使万人逃跑的在哪里呢？ 那些曾经干渴，现今得着满足，从他里面涌流活水江河的，又在哪里呢？
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