尽管1900年的义和团之乱是反基督教，兼且仇洋排外，但主要受害者仍是传教士和基督徒，困传教士散布在中国各地，而其他人则集中在各口岸地区居住。 义和团称中国基督徒为「二毛子」，认为他们是中国国家和文化的叛徒。
义和团运动在中国东北地区最盛，因为其他地区很多中国官员对外国人或多或少都会提供一些保护，因为他们明白中国要与西方列强较量，是非常不智的。 事实上，中国政府中的温和派都想多方设法改变朝廷发给各省的谕旨；据说他们把「遇见洋人格杀不论」的电报改成「遇见洋人一律保护」的字样。
在义和团之乱中，天主教徒受害最重。 单在北京地区死亡的天主教徒，人数已在一万五千至二万之间。 利玛窦（Matteo Ricci）的坟墓和十七、十八世纪时耶稣会士的墓冢，都被挖开，遭受凌辱。 山西天主教徒被杀的，约有两千人，其中包括两位主教和多名神甫。
甘肃省的情况，却相当平静，尽管官方下令传教士离开，但他们仍然留守岗位。 1900年9月，位于中国西南的云南省，有一位旅客遇到在那里工作的一位神甫。 他连义和团暴乱的事都没有听闻。 当他得知法国领事呼吁所有法国公民离开该区时，他拒绝撤离，说要等他的主教下令才会离开，因为他不愿撇下他的群羊。
华北的暴动最厉害。 那里的基督教会只有四十多年历史，所以受迫害的人数也较少。 中国基督徒死难的人数比天主教徒要少；但基督教传教士的死亡人数却较多。
当北京地区处于千钧一发时，基督教传教士和一些中国信徒，都跟大多数外国人一起，跑到英国公使的官邸中躲避。 大约有七百多基督徒被困在那里八星期之久。 他们得着几百名外国士兵的帮助，这些士兵是海岸交通未被切断之前就来到北京的。 最后，一支由西方国家和日本组成的强大部队，从天津攻进北京，并占领了京城。 所以，被围困的那些基督徒中，伤亡很少。
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